Colégio Santo Inácio desenvolve diversos projetos pedagógicos relevantes e que contribuem para a formação humana do discente. Todo o projeto está norteado pelo PEC – Projeto Educativo Comum da Rede Jesuíta de Educação. O Projeto Educativo Comum – PEC, está em processo de implantação desde 2015, em todas as instituições educacionais pertencentes à Rede Jesuíta no Brasil, e prevê Renovação, Revitalização, Transformação, Excelência e Aprendizagem Integral. O PEC trata da construção coletiva para responder aos desafios atuais em termos de Educação Básica. A Companhia de Jesus deseja transformar a escola em ambientes de experiências de aprendizagem, nos quais alunos e professores desenvolvam suas potencialidades na perspectiva dos 4 Cs: seres competentes, comprometidas, conscientes e compassiva e assim, descortinar novos horizontes e construir coletivamente o conhecimento.